Em dezembro de 2009, a lei nº 13.968 modifica a denominação e a competência do órgão para Agência Estadual de Meio Ambiente, transferindo a execução das políticas estaduais de recursos hídricos para a Secretaria de Recursos Hídricos e Energéticos. A responsabilidade da Agência pelo licenciamento e fiscalização de atividades relacionadas à preservação das riquezas hidrográficas do estado, no entanto, fica mantida.