A CPRH realiza o monitoramento sistemático da qualidade da água nas bacias hidrográficas do Estado, disponibilizando para o usuário os Mapas da Qualidade das Águas Superficiais de Pernambuco com os resultados do monitoramento dos últimos anos.

Também a água do mar é monitorada pela Agência. O programa de monitoramento da qualidade das praias de Pernambuco foi iniciado em 1974, quando algumas campanhas de amostragem eram realizadas na Região Metropolitana do Recife. Hoje, a atividade cobre todo o litoral do Estado, com 47 pontos de coleta para amostragem.

Com participação indispensável nesse processo, o laboratório da CPRH faz a análise das amostras de água (dos rios, reservatórios e do mar), além de analisar os efluentes industrias para identificar substâncias nocivas ao meio ambiente.

O cidadão comum, condomínios e empresas também podem ter acesso ao laboratório da CPRH, solicitando análise de água de poços, por exemplo.